정신과 의사인 E. 풀러 토리는 정신분석의 이론이 과학적인 근거 면에서 전통 치료사들보다 나을 것이 없다는 데 동의하였다. 스위스의 심리학자인 앨리스 밀러는 오이디푸스 콤플렉스를 포함한 프로이트의 충동론을 면밀히 조사하고는 타당성을 거부하였다. 오이디푸스 콤플렉스는 그녀와 제프리 마송에 따르면 아이를 성인의 폭력적인 성적 태도의 관점에서 비난하는 것이다. 심리학자 조엘 쿠퍼스미드는 오이디푸스 콤플렉스의 타당성을 그 본질과 기원적인 면에서 조사하고는 오이디푸스 콤플렉스의 실존을 증명할 단서가 거의 없다고 결론지었다.
프로이트와 정신 분석가들은 비판을 받아왔다. 정신분석에 대한 비판과 옹호 사이의 갈등은 너무 격렬하게 진행되어 이후에 프로이트 전쟁이라 불리기도 한다. 과학철학자인 칼 포퍼는 정신분석이 의사과학인 이유로 정신분석의 주장들이 실험할 수 있지 않고 반증할 수도 없다는 점을 꼽았다. 즉 그들의 주장을 허위라 입증할 수 없다는 것이다. 로커 토시 임레는 후대에 "포퍼의 과학적 신뢰를 염려하는 기본적인 도전은 프로이트 학파를 난처하게 만들었다. 게다가, 프로이트 학파는 그들이 실험한 실험 환경을 특정짓기를 거부했다."고 말하기도 하였다.
인지과학자들 또한 비판에 가세했다. 미국의 심리학자이자 긍정심리학의 대가인 마틴 셀리그먼은 그의 저서에 "30년 전에 일어난 심리학의 인지 혁명은 프로이트 학파와 행동주의 심리학자들을, 적어도 학문적인 분야에서는, 동시에 타도했다. 생각은 그저 감정이나 행동의결과가 아니다. 감정은 항상 인지에서 생겨나며, 인지 외의 다른 것에서 발생하지 않는다."고 서술하였다. 언어학자인 노엄 촘스키는 정신 분석가들을 과학적 증거 부족으로 비판하였다. 스티븐 핑커는 프로이트 학파의 이론을 심리를 이해하는 데 있어 비과학적이라 여겼다. 진화생물학자인 스티븐 제이 굴드는 정신분석이 자연발생설과 같은 의사과학의 주장에 영향을 받은 이론으로 간주하였다. 심리학자 한스 아이젱크와 존 킬스트롬또한 정신분석을 의사과학이라 비판하였다. 초기의 비판은 정신분석이 너무 임상적인 사례 연구에만 치중한 나머지 양적이고 실험적인 연구를 거의 포함하고 있지 않다고 주장했다. 몇몇은 프로이트를 위조 혐의로 비난하기도 하였는데, 그들이 주장한 위조 중 대표적인 것은 베르다 파펜하임(Bertha Pappenheim)으로 추정되는 Anna O.와 관련된 것이었다. 미국 철학자인 프랭크 치오피(Frank Cioffi)는 그의 저서 Freud and the Question of Pseudoscience에서 겉으로는 과학적으로 증명된 것처럼 보이지만 사실은 잘못된 주장들을 토대로 정신분석을 창시함을 지적하며 프로이트와 그의 학파의 연구를 의사과학으로 분류하였다. 다른 이들은 프로이트에게 상담받은 환자들이 정신 분석학과 거리가 먼, 현대에는 쉽게 진단할 수 있는 질환을 앓았다고 추측하였다. 예를 들어, 그들은 Anna O.가 히스테리증이 아닌 결핵수막염이나 측두엽 간질과 같은 장기 손상을 입은 상태였다고 짐작하기도 하였다.
인지과학자들 또한 비판에 가세했다. 미국의 심리학자이자 긍정심리학의 대가인 마틴 셀리그먼은 그의 저서에 "30년 전에 일어난 심리학의 인지 혁명은 프로이트 학파와 행동주의 심리학자들을, 적어도 학문적인 분야에서는, 동시에 타도했다. 생각은 그저 감정이나 행동의 결과가 아니다. 감정은 항상 인지에서 생겨나며, 인지 외의 다른 것에서 발생하지 않는다."고 서술하였다. 언어학자인 노엄 촘스키는 정신분석가들을 과학적 증거 부족으로 비판하였다. 스티븐 핑커는 프로이트 학파의 이론을 심리를 이해하는 데 있어 비과학적이라 여겼다. 진화생물학자인 스티븐 제이 굴드는 정신분석이 자연발생설과 같은 의사과학의 주장에 영향을 받은 이론으로 간주하였다. 심리학자 한스 아이젱크와 존 킬스트롬또한 정신분석을 의사과학이라 비판하였다. Adolf는 그의 저서에서 정신분석에 기반을 둔 이론이 허위임을 입증할 수 있으며 정신분석의 우발적인 주장들은 재현할 수 있는 임상적 증거를 가지고 있지 않다고 주장하였다.
리처드 파인먼은 정신분석가들을 주술사로 표현했다. 그들이 아주 작은 기간 동안 정립한 이 모든 복잡한 생각을 보아라. 만약 당신이 다른 과학이 한 생각에서 다른 아이디어를 고안하는 데 얼마나 많은 시간이 걸리는지를 이와 비교해 본다면, 그들이 고안한 이드와 자아 등등을 생각하면, 당신 또한 그들이 전혀 이 모든 것에 도달할 수 없다고 생각할 것이다. 이는 너무 방대하여 한 사람이나 몇 사람이 그 짧은 기간에 고안해낼 수 없다.
미셸 푸코와 질 들뢰즈는 정신분석학회가 권력의 중심이 되었으며 그들이 사용하는 고백 기법이 기독교적 전통을 반영한다고 주장하였다. 자크 라캉은 몇몇 미국과 영국의 정신분석적 전통의 중점, 즉 환자가 본 것을 그가 겪는 증상의 원인으로 보는 전통적 방식을 지적하며 프로이트를 비판하였다. 들뢰즈와 함께, 펠리즈 가타리는 오이디푸스 콤플렉스의 구조를 비판하였다. 뤼스 이리가레는 자크 데리다의 인간중심주의 개념을 통해 여성의 배제를 설명하며 프로이트 학파와 라캉 학파의 정신분석 이론들을 비판하였다. 들뢰즈와 가타리는 정신분석가인 제라르 멘델, Bela Grunberger와 Janine Chasseguet-Smirgel의 예시를 들며 전통적인 면에서, 정신분석은 열심히 경찰국가를 옹호하고 있음을 시사했다.
정신분석은 꾸준히 정신과 의사들을 비롯한 많은 정신 건강 전문가들에 의해 시행되고 있지만 이전보다는 확연히 줄어든 경향을 보인다. 정신분석가이자 아동 정신과 의사인 브래들리 피터슨은 "나는 대부분의 사람이 치료의 방면에서 정신분석은 막바지에 도달했음에 동의할 것이라 생각한다."고 말했다. 정신분석의 이론상의 토대는 과학 실증주의보다 해석학적현상학으로 이어지는 철학적 흐름에 있으며, 이 때문에 정신분석은 심리학의 실증주의적 접근과 양립할 수 없다.
2004년 프랑스의 한 보고서에 따르면 정신분석적 요법은 인지행동치료를 비롯한 다른 정신요법에 비해 덜 효과적이다. 보고서는 수많은 다른 연구를 메타분석법을 사용하여 여러 질병에 그 요법의 효과가 입증되었거나 추정되었는지를 살폈다. 수많은 연구는 그 효능이 정신분석학적 테크닉이나 훈련보다 치료사의 자질에 좌우됨을 드러내었다. 정신분석은 심리학에서 비판을 받아온 한편 문학 비평과 교육학 등으로 그 영향이 널리 파급되어 오늘에 이르고 있다.